Чтобы начать докачку новой версии, необходимо сделать следующее:
1. Остановить скачивание;
2. Удалить старый торрент-файл у себя из клиента (старые файлы удалять не надо!);
3. Скачать новый торрент-файл и запустить его у себя в клиенте, при этом указать клиенту путь в старую папку, куда и должно происходить скачивание .
Ваш клиент при этом должен произвести хеширование (проверку) старой папки (если не производит сам - помогите ему сделать это) и будет докачивать только те файлы, которых у вас ещё нет. Старые файлы при этом не удаляются, а продолжают раздаваться!